A administração da SCCLUBES é composta por clubes associados, contemplando os cargos de Presidente, Vice-Presidente e Membros do Conselho Fiscal, sendo eleitos em Assembleia Geral Ordinária, sempre por períodos de dois anos.
A atual gestão é formada pelos seguintes integrantes:
Presidência: Avaí Futebol Clube
Vice-Presidência: Camboriú Futebol Clube
Membros Efetivos do Conselho Fiscal: Criciúma Esporte Clube, Brusque Futebol Clube e Figueirense Futebol Clube
Membros Suplentes do Conselho Fiscal: Joinville Esporte Clube e Clube Atlético Metropolitano
A estrutura da Associação ainda conta com os seguintes profissionais:
Diretor Executivo
Assessor de Comunicação
Assessor de Engenharia
Secretário