A administração da SCCLUBES é composta por clubes associados, contemplando os cargos de Presidente, Vice-Presidente e Membros do Conselho Fiscal, sendo eleitos em Assembleia Geral Ordinária, sempre por períodos de dois anos.
A atual gestão é formada pelos seguintes integrantes:
Presidência: Avaí Futebol Clube (Júlio César Heerdt)
Vice-Presidência: Associação Chapecoense de Futebol (Gilson Sbeghen)
Membros Efetivos do Conselho Fiscal: Clube Atlético Metropolitano (Valdair Matias), Brusque Futebol Clube (Danilo Rezini) e Figueirense Futebol Clube (Norton Boppré)
Membros Suplentes do Conselho Fiscal: Esporte Clube Internacional (Cristopher Nazário Nunes) e Joinville Esporte Clube (Charles Fischer).
A estrutura da Associação ainda conta com os seguintes profissionais:
Diretor Executivo
Assessoria de Comunicação
Assessoria Jurídica
Secretaria Administrativo-financeira