A administração da SCCLUBES é composta por clubes associados, contemplando os cargos de Presidente, Vice-Presidente e Membros do Conselho Fiscal, sendo eleitos em Assembleia Geral Ordinária, sempre por períodos de dois anos.
A atual gestão é formada pelos seguintes integrantes:
Presidência: Esporte Clube Internacional (Cristopher Nunes Nazário)
Vice-Presidência: Brusque Futebol Clube (Danilo Rezini)
Membros Efetivos do Conselho Fiscal: Figueirense Futebol Clube (José Tadeu da Cruz), Avaí Futebol Clube (Júlio César Heerdt) e Clube Náutico Marcílio Dias (Hercilio Henrique de Mello Tristão)
Membros Suplentes do Conselho Fiscal: Associação Chapecoense de Futebol (Gilson Sbeghen) e Barra Futebol Clube (Bene Sobrinho)
A estrutura da Associação ainda conta com os seguintes profissionais:
Diretor Executivo
Assessoria de Comunicação
Assessoria Jurídica
Secretaria Administrativo-financeira