Pelo segundo ano consecutivo Santa Catarina terá seis participantes na Copa do Brasil. A Chapecoense participa pelo Critério 1, como um dos oito clubes brasileiros da Copa Libertadores da América 2017. Brusque, Criciúma, Figueirense e Joinville participam pelo Critério 2 das Competições Estaduais. O Avaí ingressa Critério 3, Clubes do Ranking Nacional, como 24º colocado.
A Copa do Brasil 2017 terá novidades no regulamento, sendo a competição mais democrática do país. As mudanças são referentes às duas fases iniciais do torneio. Ambas serão em jogo único. Na primeira, a equipe melhor posicionada no Ranking Nacional de Clubes da CBF terá a vantagem do empate para garantir a classificação e o jogo será na casa do menor rankeado. Na segunda fase, em caso de empate, o time classificado será conhecido através das cobranças de pênaltis.
Confira os confrontos dos catarinense e o chaveamento na imagem abaixo:
Chave 1
CSA-AL x Sport-PE
Sete de Setembro-MS x River-PI
Uniclinic-CE x Portuguesa-SP
Boavista-RJ x Ceará-CE
Chave 2
Rio Branco-AC x Figueirense-SC
Gurupi-TO x Londrina-PR
São Raimundo-PA x Fortaleza-CE
Comercial-MS x Joinville-SC
Chave 3
Volta Redonda-RJ x Cruzeiro-MG
São Francisco-PA x Botafogo-PB
Murici-AL x Juventude-RS
Atlético-AC x América-MG
Chave 4
Globo-RN x Fluminense-RJ
Sinop-MT x Salgueiro-PE
Altos-PI x CRB-AL
Santo André-SP x Criciúma-SC
Chave 5
Princesa do Solimões-AM x Internacional-RS
Friburguense-RJ x Oeste-SP
São José-RS x Sampaio Corrêa-MA
Guarani de Juazeiro-CE x Náutico-PE
Chave 6
Caldense-MG x Corinthians-SP
Brusque-SC x Remo-PA
URT-MG x Luverdense-MT
Desportiva-ES x Avaí-SC
Chave 7
Campinense-PB x Ponte Preta-SP
Rondoniense-RO x Cuiabá-MT
São Raimundo-RR x Boa Esporte-MG
Itabaiana-SE x Goiás-GO
Chave 8
Santos-AP x Vasco da Gama-RJ
Fast Clube-AM x Vila Nova-GO
Anápolis-GO x Bragantino-SP
Luziânia-DF x Vitória-BA
Chave 9
Vitória da Conquista-BA x Coritiba-PR
Ferroviária-SP x ASA-AL
São Bento-SP x Paraná-PR
Sergipe-SE x Bahia-BA
Chave 10
Moto Club-MA x São Paulo-SP
PSTC-PR x Ypiranga-RS
Audax-SP x América-RN
Ceilândia-DF x ABC-RN